Чтобы компилировать программы через командную строку(cmd.exe), после установки JDK зайдите в свойства компьютера(computer properties) > дополнительно(advanced) > Переменные среды(Environment variables).
Там найдите переменную среду Path, и через точку с запятой допишите путь к папке bin в вашем jdk, тоесть C:\Program Files\Java\jdk1.6.0_21\bin. В принципе все показано на скриншоте:
После этого, можете создать в папке простой класс, скажем, Main.java. Затем зайти в эту папку через cmd, и скомпилировать наш класс командой javac Main.java, а запустить потом командой java Main.